La Malassise prépare au baccalauréat général. À l'entrée en seconde, les élèves ont à choisir un ou deux enseignements optionnels en plus de la LVB qu'ils ont choisie en quatrième et qui est obligatoire.
En fin de seconde, ils auront à choisir trois enseignements de spécialité parmi : maths ; sciences-physiques ; SVT ; SI (sciences de l'ingénieur) ; sciences économiques et sociales ; histoire-géo, géopolitique et sciences politiques ; langues littérature et culture étrangère (anglais).
Si aucune option n'est déterminante pour accéder en première générale, il est fortement conseillé de choisir SI en seconde si on envisage la spécialité « sciences de l'ingénieur » au baccalauréat.
Le schéma ci-dessous donne le détail des options proposées en seconde et des combinaisons possibles.

Sciences de l'Ingénieur (SI)
Cette option se caractérise par l'approche des méthodes d'analyse et de conception assistées par ordinateur, associées à l'application concrète des savoirs scientifiques. Parmi les objectifs généraux :
- promouvoir l'utilisation des nouvelles technologies informatiques dans de nombreux domaines : programmation, simulation, conception, transmission des informations ;
- faire acquérir les connaissances et les démarches permettant la compréhension des systèmes présents dans l'environnement de l'élève.
Cette option trouve son prolongement à La Malassise sous forme de spécialité en première et terminale en abordant, par la notion de système et de fonction, plusieurs des grands champs disciplinaires des technologies actuelles : la mécanique, l'automatique, l'électrotechnique, l'électronique, le traitement de l'information et les réseaux de communication.
Management et Gestion
Cet enseignement a principalement pour objectif de permettre à l'élève de développer des capacités d'analyse de l'organisation économique et sociale, grâce à la compréhension d'un environnement économique et juridique de plus en plus complexe, l'identification des principes de fonctionnement des organisations, et notamment de l'entreprise, et leur contribution au développement.
Latin
Nous recommandons aux élèves ayant pratiqué avec succès le latin en 4e/3e de poursuivre au lycée à trois conditions :
- aimer la discipline ;
- accepter d'y consacrer un peu de temps pour accroître sa culture générale et ainsi entrer dans les textes fondateurs pour comprendre la pensée antique ;
- faire preuve de curiosité en prenant en charge des exposés, selon un choix laissé aux élèves.
Section européenne
Le principe consiste à proposer une partie de l'enseignement d'une discipline non linguistique, ici les mathématiques, dans une langue étrangère : l'anglais. L'horaire hebdomadaire est de 2h : 1h assurée par un professeur d'anglais et 1h assurée par un professeur de mathématiques, en anglais.
Les objectifs :
- encourager l'expression orale autonome en anglais,
- approfondir les connaissances des élèves sur le monde,
- les amener à un quasi bilinguisme à l'issue de la terminale,
- donner une ouverture sur l'étranger par la participation à des échanges entre élèves,
- améliorer sa maîtrise de la langue anglaise et étendre sa culture générale.
Arts plastiques
Il s'agit de permettre aux lycéens qui le souhaitent de bénéficier de deux heures d'enseignement d'arts plastiques. C'est l'occasion de proposer à nos élèves un espace de liberté et de création, grâce aux outils et moyens techniques mis à leur disposition. Ceux qui poursuivront en première et terminale pourront se présenter à l'épreuve optionnelle d'arts plastiques au baccalauréat.
Option « sports »
Nous proposons 4 activités : athlétisme, badminton, danse, foot. Cette option s'adresse à ceux qui ont envie d'avoir 2 heures d'activités sportives, en plus des 2 heures obligatoires d'EPS. Il n'est pas nécessaire d'avoir un bon niveau, il faut surtout avoir envie de participer et de progresser.
Dual Diploma
La Malassise développe la dimension internationale de son projet éducatif et propose un programme novateur. Academica Dual Diploma offre la possibilité de suivre un double cursus diplômant dès l'entrée en 3e ou 2nde jusqu'à la Terminale, permettant d'obtenir le High School Diploma américain en digital, en parallèle du Baccalauréat français.